Не смотря на очевидные преимущества, у подземных центров имеются и недостатки. Кроме того, что вести строительство под землёй сложно и дорого, необходимо ещё и обеспечить надёжную защиту находящихся в неё людей от потенциальной террористической атаки. Представьте себе, ведь даже после нескольких лет многие бояться спускаться в те подземные переходы, в которых происходили громкие преступления.

Что же касается самих бизнесменов, которые должны будут арендовать торговые площади в подземных центрах, то они жалуются на слишком высокую арендную плату. Если сравнивать московские цены, то аренда 1 квадратного метра в наземном торговом комплексе обходится в 3-4 раза дешевле, нежели та же площадь, но арендованная под землёй. Специалисты полагают, что для того, чтобы строительство столь затратного объекта коммерческой недвижимости окупило себя, его нужно возводить в самом центре крупных городов, где свободной земли катастрофически не хватает и арендаторы будут согласны на любые условия.

Девелоперы и подрядчики имеют свои проблемы в этой отрасли. Так, строительство каждого последующего этажа, уходящего вглубь под землю, обходится на 10-15 дороже предыдущего.

Немаловажной трудностью при возведении подземных комплексов в больших городах является насыщенность андерграунда всевозможными коммуникациями. Учёные приводят собственные расчеты, в которых говорится, что активное освоение земли в Москве может вывести из равновесия всю систему. Откачивая воду, строители могут вызвать провалы грунта вместе со стоящими на неё конструкциями. К тому же в зависимости от грунта, первый этаж любого комплекса придётся возводить на глубине не менее 30 метров от поверхности земли.

Для того, чтобы подземный проект был принят в эксплуатацию соответствующими службами, он должен быть построен согласно нормам и требованиям к противопожарным системам, в которых указано, что толщина перегородок и других конструкция должна быть гораздо выше, чем у наземных зданий.

Чтобы подземный центр был построен как положено, необходимо производить комплексное изучение грунтов, на протяжении хотя бы нескольких лет наблюдать затем, как они ведут себя под соседними многоэтажными постройками. В независимости от того, в каком состоянии находится почва, её ещё до начала строительства придётся укреплять, а многие инженерные конструкции придётся заменить или усилить.

Строители отводят на возведения подземных центров намного большее время, чем на наземные сооружения. Так, если застройщик возводит 2-3 этажа наземной постройки в месяц, то те же специалисты над одним подземным этажом будут работать 3-4 месяца.

Не смотря на то, что возведение подобных подземных комплексов сопряжено с огромными трудностями, всё же власти крупных городов настроены оптимистично. В основном это связано с тем, что в центральной части городов не практически не осталось свободной земли, пригодной под застройку. Кроме того, не стоит забывать и о том, что дополнительные торговые площади, введённые в эксплуатацию, будут приносить существенное пополнение в казну, при этом все расходы будут нести владельцы конструкций. Так, власти Москвы обещают, что уже к 2010 году в городе появится порядка 25 многофункциональных торговых центра, расположенных под землёй.